耶稣的妻子
达芬奇阴谋论最引人侧目的断言则是，耶稣和抹大拉的玛利亚秘密结婚，为延续血脉，还生育了一子。另外，孕育着耶稣后代的抹大拉的玛利亚的子宫，在书中被描述成传奇的圣杯，这是一个由叫做郇山隐修会的天主教组织所掌握的秘密。艾萨克·牛顿爵士，波提切利，维克多·雨果和达芬奇都是该组织的成员。
罗曼史。丑闻。诡计。阴谋论的绝佳素材。但事实的确如此吗？我们看看学者们是怎么说的。
《新闻周刊》上刊登过一篇杂志文章，总结了一流学者的意见，所得出的结论是耶稣和抹大拉的玛利亚秘密结婚的说法是毫无事实依据的。[15]《达芬奇密码》的该观点是从《腓力福音》中一句”耶稣和玛利亚同伴”的孤立经文中断章取义得来的。书中，Teabing爵士试图从“同伴”一词得出“伴侣”的意思。但Teabing爵士的理论并不为广大学者所接受。
《腓力福音》中还有一句经文说耶稣亲吻了玛利亚呢。亲吻在一世纪是朋友之间打招呼的常用礼节，并不带有性的意味。即使 《达芬奇密码》 的解读是正确的， 也再找不出任何其他历史资料证实该结论。鉴于《腓力福音》是由不知名作者在耶稣死后的150年到220年之间所作，其中关于耶稣的描述毫无历史可靠性可言。[16]
也许诺斯替教觉得新约描写罗曼史太少了，特意给加了点桃色进去。不管原因究竟是什么，但仅从耶稣死后两百年的一句孤立而模糊的经文，就得出这么大一个阴谋，这也太站不住脚了！这是有趣的读物，但绝不能代表历史。
关于圣杯和郇山隐修会，Brown的虚构记录有违历史。传说中的圣杯应该是耶稣最后的晚餐上所用的杯子，跟抹大拉的玛利亚毫不相关。达芬奇根本不可能知道郇山隐修会，因为这个隐修会是在他死后437年（公元1956年）才成立。再次强调，是有趣的读物，但是伪造的历史。
所谓的“秘密的”文献
但是Teabing爵士披露了“数以千计的秘密文献”，证明基督教是个骗局。这个说法可靠吗？
如果真的有这样的文献，那些反对基督教的学者一定会为此选定一个重要的日子，大肆庆祝。数世纪以来，宣扬异端邪说的骗人著作一直被早期教会反对，这从来都不是秘密。毋庸赘言，它们从来就不被看作是使徒们的正宗著作。
假如Brown（也就是Teabing爵士）是参考杜撰，或者福音书的早期著作，那也绝不是什么“秘密”。它们本来就不是秘密，而且从来也不会有违基督教。新约学者 Raymond Brown如此评价《诺斯替福音》，
《诺斯替福音》的作者不详，并且都不是真正的见证人，与此不同的是，圣经新约通过了不计其数关于真实性的考证。(点击此处查阅 ） 这根本性的不同对于那些推波助澜阴谋论的人们简直是致命的打击。新约历史学家F. F. Bruce写道：
“世界上没有任何一部古典文学像新约一样具有如此丰富详实的文本认证。”[18]
新约学者Bruce Metzger披露《托马斯福音书》不被早期教会接受：
“《托马斯福音书》在尼西亚会议上被强行去除的说法是不准确的，应该说，由于它是伪造的，所以从来就没被接纳过！！它与早期教会所承认的关于耶稣的见证不符。”[19]